RNA免疫共沉淀测序（RNA Immunoprecipitation Sequencing, RIP-seq）是利用目标蛋白的特异性抗体，将对应的蛋白-RNA复合体进行免疫沉淀，对分离纯化的RNA进行建库与高通量测序。RIP-seq能够鉴定体内目的蛋白结合的RNA，RIP-seq分为天然和交联鉴定两种方式。天然RIP-seq能够直接鉴定与目标蛋白质结合的RNA，以及RNA在样本中的水平（丰度）；交联RIP-seq能够鉴定蛋白质和RNA的结合位点。