酵母双杂交系统（Yeast two-hybrid system）是将待研究的两种蛋白质A和B的编码DNA序列分别克隆（融合）到酵母表达质粒的转录激活因子（如GAL4等）的DNA结合结构域（B-BD）和转录激活域（A-AD）上，构建成融合表达载体，从表达产物分析两种蛋白质相互作用的系统。

如果A和B蛋白能够相互作用，则DNA结合域和激活域紧密靠近，使转录激活因子起作用，启动报告基因（如b-半乳糖苷酶）的表达，通过检测表达产物可以判断相互作用的强弱。