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RNA亲和纯化测序(RAP-seq)
RNA亲和纯化测序技术(RNA Afinity Purification Sequencing,RAP-seq),是由我司推出的一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台,该技术通过体外蛋白表达技术,表达纯化出带有标签的RNA结合蛋白(RNA BindingProtein,RBP),然后与RNA在体外进行孵育结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序。 RNA亲和纯化测序(RAP-seq)作为一种新兴的技术,不需要针对每个蛋白制备特异性抗体,也无需制备遗传转化材料,突破了物种的限制,为我们提供了一种有力的手段来探究蛋自与RNA之间的相互作用,以及这些相互作用如何影响基因的表达和生物学功能,高效助力RNA结合蛋白(RBP)调控机制研究。
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RNA凝胶迁移或电泳迁移率实验(RNA-EMSA)
RNA-EMSA(RNA-Electrophoretic Mobility Shift Assay)是一种快速灵敏的检测蛋白-RNA互作的技术方法,RNA-EMSA是将标记的RNA与蛋白质共同孵育,当形成复合物后,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶对RNA-蛋白质复合体进行电泳。 与游离的RNA探针相比,RNA-蛋白质复合体的迁移速度较慢,可以在凝胶上观察到阻滞条带。通过RNA-EMSA实验可以检测或验证RNA与蛋白质的相互作用、蛋白质在RNA上的结合序列等。
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RNA Pull Down
RNA Pull Down是根据已知的RNA序列,设计DNA模板,然后使用体外转录技术合成生物素标记的RNA探针,并与蛋白提取液进行孵育,形成RNA-蛋白质复合体。使用链霉亲和素磁珠纯化富集RNA-蛋白质复合体,将富集到的蛋白质进行LC-MS/MS检测,最终鉴定出与RNA互作的蛋白质。
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体内RNA亲和纯化(RAP)
体内RNA亲和纯化(RNA Affinity Purification,RAP)是根据感兴趣的已知RNA序列,设计与RNA序列互补的生物素标记的DNA捕获探针,同时将RNA与蛋白质在体内进行交联,然后使用DNA捕获探针,将与目的RNA结合的复合物沉淀下来,进行LC-MS/MS检测,鉴定出目的RNA的结合蛋白。
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RNA免疫共沉淀测序(RIP-seq)
RNA免疫共沉淀测序(RNA Immunoprecipitation Sequencing,RIP-seq),是研究细胞内RNA与蛋白质结合的技术。原理是利用目标蛋白的特异性抗体将相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过富集和纯化后,对结合在复合物上的RNA进行高通量测序,从而在全转录组范围内分析细胞内RNA与蛋白的结合情况,揭示RNA分子与RNA结合蛋白(RBP)的相互作用,包括非编码RNA与蛋白的互作。
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