在功能基因组学和表观遗传学研究中，转录因子结合位点（TFBS）的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）方法，在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而，好的抗体可遇不可求，这限制了ChIP-seq更广泛的应用。

DAP-seq技术的出现，使TFBS 的研究不再局限于物种，不再受抗体质量的限制，为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。

DAP-seq与ChIP-seq技术对比

蓝景科信拥有260+物种，4000+转录因子的实验经验，周期短，口碑好，助力客户发表高分文章Cell，Science，Molecular Plant，Plant Biotechnology Journal，Journal of Advanced Research，Plant Cell，PNAS，Plant Communications，Journal of Integrative Plant Biology，Molecular Horticulture，New Phytologist，International Journal of Biological Macromolecules，Horticulture Research，Current Biology，Plant Physiology等。

参考文献：

O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

2016-Cell-DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.pdf

Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

2017-Nature Protocols-Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.pdf

开展项目之前，我们会根据您具体的转录因子做可行性分析报告，供您参考，从多个方面进行可行性分析，包括转录因子分子量，亚细胞定位预测，跨膜区预测，蛋白质结构域预测、翻译后修饰预测，并且根据文献报道和我们的经验来进行可行性分析。

1.DAP-seq原理是什么,技术流程是什么，能帮我解决什么样的问题?

原理：体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。

技术流程：将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标签的融合蛋白；提取样品的基因组DNA，构建DNA文库，然后将体外表达的带有亲和标签的转录因子和DNA文库进行结合，随后把结合的DNA洗脱后上机测序。

能帮助您快速找到转录因子的结合位点，寻找转录因子调控的靶基因。

技术服务流程：

2.需要提供什么材料？

需要您提供

（1）组织材料或者是提取好的基因组DNA；

（2）含有转录因子CDS序列的质粒。

3.分析结果包括哪些内容？

蓝景科信DAP-seq的生信分析包括以下内容： 

1. 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 

2. 数据产出统计

3. 参考序列比对分析  

4. 测序reads富集区域扫描（peak calling）

5. Peak在基因功能元件上的分布统计 

6. Peak序列模式发掘（motif search） 

7. 已知motif注释 

8. Peak相关基因鉴定

9. Peak相关基因的GO和KEGG富集分析 

10. 测序数据的可视化分析

4.实验的成功率怎么样？

不同转录因子家族的成功率不同，请参考不同转录因子家族的DAP-seq成功率： 

此表数据来源文献，doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038。

5.为什么有些基因家族的成功率很低？

有些转录因子需要和其他蛋白形成复合体才能与DNA结合，这些蛋白的风险比较高。 

6.一些特殊的样品能不能做，有没有风险？

有两种情况的样品是不能做DAP-seq 实验的，一种情况是没有参考基因组，另一种情况是转录因子不能在体外表达出来，除此之外，我们会做可行性分析报告供您参考。

7.包含重复吗？

包含两个技术重复。

8.做这个蛋白表达的时候，使用的什么表达系统？

优先使用真核表达系统进行蛋白表达，如果真核表达系统不能表达成功的话可以沟通换用原核表达系统。

9.植物组织样本取样的时期部位有什么要求？

植物组织样本取样的时期和部位是您根据自己的研究需求确定，不同组织和时期DNA的修饰不同，可能会影响蛋白和DNA的结合。

10.DAP-seq试验结果的可靠性如何，是否能通过验证试验做出来？ 

可以参考2019-JXB-Populus euphratica PeWRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance这篇文献，文献中是使用DAP-seq技术，在基因组水平上，鉴定了PeWRKY1转录因子与胡杨基因组DNA的结合位点信息，并通过酵母单杂交、EMSA、荧光素酶检测系统验证了这一结果。

11.DAP-seq跟ChIP-seq有何区别,DAP-seq的优势表现在哪里?

DAP-seq和ChIP-seq的区别：

DAP-seq的优势：不需要针对每个转录因子制备特异性抗体，快速、高通量、节约时间成本。

12、DAP-seq用的input是什么，为什么选这个作为对照呢？

Input对照是用的亲和纯化前的文库，目的是降低背景噪音，我们用的Input和2016年发表在Cell（DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape）上的论文是一致的。

13、为什么实验中表达的有些蛋白比理论值偏大？

很多蛋白表达出来比理论值大一些，因为有一些翻译后修饰，很多情况都是这样的，原核表达也有这类情况，比如拟南芥SnRK蛋白激酶，预测40 kd，通过原核表达，实际分子量是60 kd。