免疫共沉淀（Co-IP）以抗体与抗原的特异性结合为基础，研究蛋白质与蛋白质相互作用的经典方法。利用免疫共沉淀可以检测两个已知蛋白之间的相互作用，或者寻找与已知蛋白相互作用的未知蛋白。免疫共沉淀的优势在于蛋白的结合是在细胞内完成，能够反应天然状态下的蛋白质相互作用，结果更加真实可靠。

实验原理

当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质相互作用被保留了下来，使用结合抗体的磁珠与细胞裂解液共同孵育，抗体会和诱饵蛋白特异性结合，同时与诱饵蛋白结合的蛋白也会固定在磁珠上，洗去上清，再将磁珠上的蛋白洗脱下来进行免疫印迹检测或者质谱检测，将鉴定到与诱饵蛋白相互作用的蛋白质。