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荧光素酶互补实验（LCI）
荧光素酶互补实验 (Luciferase Complementation Assay, LCI)具有高灵敏度、可定量化、操作简单的优势，被广泛应用于植物学和动物学中验证蛋白质的相互作用研究。
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双分子荧光互补技术（BiFC）
双分子荧光互补（Bimo-lecular fluorescence complementation，简称BiFC）技术，可以直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用。
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酵母双杂交系统（Y2H）
酵母双杂交技术是蛋白互作研究的经典方法，起源于20世纪80年代末。它利用酵母转录因子(如GAL4)的结构特征检测蛋白互作--这类转录因子通常由DNA结合结构域(BD)和转录激活结构域(AD)组成，仅当二者空间靠近时才能激活报告基因转录。 在该系统中，将待检测的两种蛋白分别与BD、AD融合，构建成诱饵蛋白(BD-靶蛋白)和猎物蛋白(AD-待测蛋白)并导入酵母细胞表达。若两种蛋白发生互作，BD与AD将在空间上靠近，使BD结合到报告基因上游的激活序列(UAS)，同时AD激活下游报告基因(如HIS3、LEU2等营养缺陷型基因或B-半乳糖苷酶基因)的转录。通过观察酵母在营养缺陷培养基上的生长情况，或检测β-半乳糖苷酶的显色活性(如X-Gal染色)，即可判断蛋白间是否存在互作。
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酵母单杂交（Y1H）
酵母单杂交系统(Yeastone-hybrid,Y1H)是解析细胞内DNA-蛋白质相互作用的经典分子生物学工具。其核心原理基于真核生物转录激活子的结构特征，这类转录激活子通常包含独立发挥功能的DNA结合结构域(DNA Bind-ing Domain,BD)和转录激活结构域(Transcription Activation Domain,AD)。 构建酵母单杂交体系时，将含有特定顺式作用元件的“诱饵”DNA序列整合进酵母基因组，使其与报告基因相连。同时，将潜在结合的转录因子(“猎物")和转录激活结构域AD构建成融合表达载体，导入酵母细胞。若转录因子能特异性结合“诱饵”DNA,AD会招募转录复合物，启动报告基因表达。通过检测报告基因的表达水平，即可判断转录因子与DNA是否存在相互作用。
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双荧光素酶报告实验（Dual-LUC）
双荧光素酶报告实验(Dual-luciferase reporter assay,DLR)是一种在生物学研究中广泛应用的技术，主要用于解析基因表达调控机制，可定量评估转录因子与靶基因启动子的相互作用及启动子活性。该实验通常使用萤火虫荧光素酶(Firefly Luciferase)和海肾荧光素酶(Renilla Luciferase)双报告系统: 萤火虫荧光素酶基因常作为报告基因，与目标基因的启动子序列构建在同一载体上，其表达直接受目标启动子调控。 海肾荧光素酶基因作为内参基因，由组成型启动子驱动，在细胞内稳定表达。 当细胞同时转染含有这两种基因的载体后，加入相应的荧光素底物，两种荧光素酶会催化底物发光。通过检测两种荧光信号的强度比值(Luc/Ren)，可归一化处理实验数据，消除细胞转染效率、细胞活性等因素对实验结果的影响，从而准确反映目标启动子的活性。
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