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RNA凝胶迁移或电泳迁移率实验（RNA-EMSA）
RNA-EMSA（RNA-Electrophoretic Mobility Shift Assay）是一种快速灵敏的检测蛋白-RNA互作的技术方法，RNA-EMSA是将标记的RNA与蛋白质共同孵育，当形成复合物后，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶对RNA-蛋白质复合体进行电泳。 与游离的RNA探针相比，RNA-蛋白质复合体的迁移速度较慢，可以在凝胶上观察到阻滞条带。通过RNA-EMSA实验可以检测或验证RNA与蛋白质的相互作用、蛋白质在RNA上的结合序列等。
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RNA Pull Down
RNA Pull Down是根据已知的RNA序列，设计DNA模板，然后使用体外转录技术合成生物素标记的RNA探针，并与蛋白提取液进行孵育，形成RNA-蛋白质复合体。使用链霉亲和素磁珠纯化富集RNA-蛋白质复合体，将富集到的蛋白质进行LC-MS/MS检测，最终鉴定出与RNA互作的蛋白质。
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体内RNA亲和纯化（RAP）
体内RNA亲和纯化（RNA Affinity Purification，RAP）是根据感兴趣的已知RNA序列，设计与RNA序列互补的生物素标记的DNA捕获探针，同时将RNA与蛋白质在体内进行交联，然后使用DNA捕获探针，将与目的RNA结合的复合物沉淀下来，进行LC-MS/MS检测，鉴定出目的RNA的结合蛋白。
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RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）
RNA免疫共沉淀测序(RNA Immunoprecipitation Sequencing,RIP-seq)，是研究细胞内RNA与蛋白质结合的技术。原理是利用目标蛋白的特异性抗体将相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，经过富集和纯化后，对结合在复合物上的RNA进行高通量测序，从而在全转录组范围内分析细胞内RNA与蛋白的结合情况，揭示RNA分子与RNA结合蛋白(RBP)的相互作用，包括非编码RNA与蛋白的互作。
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